El sueño de Bolívar era la unión de América, pero este sueño se desmoronó cuando en 1830 una corte de Notables, reunida en Quito, acuerda construir un Estado libre e independiente con los pueblos comprendidos en el Distrito del Sur (de la Gran Colombia), mediante las relaciones de naturaleza y de recíproca conveniencia.

Agrupados los territorios del Distrito del Sur de la (disuelta) Gran Colombia se convocaron a los pueblos de la nueva República (Ecuador) a elecciones el 31 de mayo de 1830. Los diputados se reunieron en Río Bamba el 10 de agosto y proclamaron la República del Ecuador. Flores fue nombrado su primer presidente. Y al contrario de Venezuela, que pedía el destierro de Bolívar, el Congreso decretó los mayores honores a su memoria.
Los dirigentes quiteños formalizaron el deseo de ya no ser parte del bloque gran colombiano, cuya unidad estaba deteriorada por factores administrativos, políticos, económicos, etcétera. Si bien el proyecto separatista tuvo muchos contrarios, al final triunfó la mayoría y nuestra circunscripción patria buscó organizarse como Estado soberano e independiente.
Un buen número de historiadores, politólogos e investigadores llaman a este episodio "nacimiento de la República", aunque tal categoría política tomó tiempo en consolidarse. Al separarse de la Gran Colombia, el primer presidente del joven Estado del Ecuador, nombre que recibió la naciente república en la Primera Asamblea Constituyente reunida en Riobamba en agosto de 1830, fue el general venezolano Juan José Flores antiguo militar muy estimado por Simón Bolívar, que representaba los intereses del grupo ultraconservador. Ecuador iniciaba el camino como Estado independiente.

La diferencia entre federalistas y centralistas provoco que Venezuela y Ecuador se separaran de La Gran Colombia además ambos querían mas independencia para ejercer su poder en su territorio, estar anclados a la gran republica les limitaba en algunos aspectos su propia hegemonía.
En Quito, al saber que Venezuela se había separado y que Bolívar se retiraba en forma definitiva, tomaron la decisión de separarse. Con esto se desvanecía la Gran Colombia después de 11 años de existencia.
El Distrito del Sur declaró su independencia de Colombia, conformándose la República de Ecuador. Ese día se reunió en Quito una Asamblea de Notables con el fin de resolver la separación de esta región de la la Gran Colombia y formar un Estado independiente con el nombre de República del Ecuador. De ella surgió el general Juan José Flores, originario de Venezuela, como Jefe Supremo del Gobierno.
Luego se promulgó la primera constitución ecuatoriana, que declaró, entre otros artículos, que los departamentos del Azuay, Guayaquil y Quito quedaban reunidos entre sí formando un solo cuerpo independiente con el nombre de Estado del Ecuador. Juan José Flores asumió el poder como Presidente del nuevo Estado y José Joaquín de Olmedo como Vicepresidente.
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