La Rebelión de Pasto ocurrida el 24 de noviembre de 1822, fue considerada una masacre, la cual estuvo comandada por el ejército patriota del general Antonio José de Sucre.

Después de las batallas de Bombona y Pichincha, Pasto, por muchos años un bastión del realismo, había capitulado ante Bolívar en junio de 1822. De esta forma Ecuador y Colombia habían quedado en manos de los patriotas y Bolívar tenía el camino despejado para seguir adelante con su campaña hacia Perú.
Sin embargo, en una decisión temeraria, impopular en la ciudad, en octubre de ese año el español benito Boves y el pastuoso Agustín Agualongo encabezaron una rebelión en Pasto que amenazaba con extenderse al norte de Ecuador, abriéndose así un frente rebelde a espaldas de los ejércitos de Bolívar. Por este motivo, el Libertador envió a Sucre, al mando de dos mil hombres, a sofocar la rebelión de Pasto.
La noche del 24 de diciembre, el mariscal Sucre toma por asalto la ciudad, aprovechando la aparente calma de la navidad, el Batallón Rifles comete todo tipo de excesos asesinando a mas de cuatrocientos civiles, entre mujeres, ancianos y niños y recluta por la fuerza a mil trescientos hombres.
Además, se dio la orden de ejecutar secretamente a catorce ilustres personajes de la ciudad, siendo capturados, atados por la espalda y arrojados por un precipicio al río Guáitara, pasando a ser este uno de los episodios mas crueles y sanguinarios en las guerras de independencia colombianas.
Bolívar llegó a Pasto el 2 de enero de 1823, impuso nuevos castigos y estableció el gobierno patriota en manos del Coronel Juan José Flórez, los rebeldes finalmente fueron derrotados en 1824, año en el que también culminó la campaña en Perú.

La segunda rebelión de Pasto fue a mediados de 1823, con la región sur de Colombia desguarnecida de efectivos militares, por encontrarse estos en Perú, Los líderes de la resistencia pastusa Estanislao Merchancano como jefe civil y Agustín Agualongo como jefe militar, se alzaron en Pasto en favor de la causa del rey.
Los pastusos fueron derrotados varias veces, pero tras ser derrotados se retiraban a las montañas donde rehacían sus fuerzas y volvían a atacar. Finalmente la rebelión acabaría en julio de 1824 con la captura y fusilamiento de Agualongo.
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